化學研究的對象是各種各樣的物質，浩瀚的宇宙和地球上人類肉眼能見到的和不能直接觀察到的以原子或分子形態存在的物質，都是我們要了解和研究的對象，化學是在原子、分子層次上研究物質的組成、結構、性質、變化規律及其應用的自然科學。物質是人類賴以生存的基礎，人類進步的物質基礎是天然的和人造的各種化學物質，因此化學是人類認識、利用和改造物質世界的主要方法和手段，21世紀化學已被公認為是一門中心科學。
醫學是研究人類與疾病斗爭的科學，它研究人體中生理、心理和病理現象的規律，從而尋求預防、診斷和治療疾病的有效方法，以保證人類健康。化學是醫學的基礎，兩者之間有著密切的關系 .
人和自然具有相同的化學元素組成。人體是一個復雜的化學反應系統，每時每刻都在進行著各種形式的化學反應，只不過這些反應比體外反應更復雜、更有效、更精確。
濟寧醫學院下屬的藥學院創設于2001年， 設有5個教研室、1個實驗教學中心和1個學院重點實驗室——分子醫藥學研究室。
藥學實驗教學中心總面積8000m，其中實驗室24個，科研室10個，儀器室11個，技術室9個；擁有高效液相色譜儀、紅外光譜儀、氣相色譜儀、薄層掃描儀、熒光分光光度計、原子吸收分光光度計等先進的儀器設備，總價值900余萬元。擁有校內外后期實踐教學基地18處，完全能滿足該專業后期實踐教學需要。
學院師資力量雄厚，現有教職工57名，其中教授8人，副教授9人，講師23人；博士學位6人，碩士學位23人；擁有“國務院特殊津貼享受者”1人，“全國優秀教師”1人,“山東省教學名師”1人；山東省高校中青年學術骨干和學科帶頭人1人；院級專業技術拔尖人才2人；市級優秀青年科技人才1人。
近幾年來共發表論文210余篇，其中在國家核心期刊發表80余篇，被SCI或EI收錄20篇；主編教育部 “十一五”規劃教材、衛生部規劃教材8部；參編著作與教材15部。積極開展科學研究，近年來共承擔上級科研課題12項，各級教研課題14項；發表教研論文17篇；獲省高校優秀科研成果一等獎2項，獲省高校優秀科研成果二等獎2項，獲省教委科技進步三等獎4項。醫學化學學科2000年確定為省級試點課程，2005年被評為省級精品課程。2006年有機化學、藥物化學均被評為校級精品課程，藥劑學、分析化學被評為校級優質課程。
